En virtud de la Reforma Borbónica de 1786 se instituyó el régimen de intendencias y se otorgó una de ellas a Guanajuato, a la que León había de pertenecer como una simple Subdelegación. Desaparecieron con ello las antiguas alcaldías, sin embargo, la Villa siguió funcionando como tal hasta fines del siguiente año.

El catálogo del Fondo Subdelegación (SD), por el motivo anterior, contiene referencias desde el 5 de diciembre de 1787, cuando la Villa de León actuó como tal; los asuntos tratados terminan en 1821 únicamente por la razón de agotar el periodo Colonial, pues todavía después de este año, en el México independiente, 1821 a 1823, aparecen documentos en el archivo con citas referentes a la Subdelegación e Intendencia.

Cabe también mencionar que, debido a la importancia cualitativa y cuantitativa de la documentación existente sobre la Revolución de Independencia, integrante de una sección del Fondo Subdelegación, se ha editado un catálogo aparte que trata detalladamente los sucesos del movimiento, tanto los ocurridos en León como los acontecidos en otras localidades.

Los testimonios documentales de la Subdelegación leonesa se refieren tanto a la Villa como a los poblados de su jurisdicción y encargo, y de todos aquellos de la región, con los que se entablaron relaciones de vecindad.

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