Desde las primeras actuaciones de los funcionarios del Cabildo, guardadas celosamente por sus escribanos reales, comienza el depósito archivístico de la administración de la Villa.
León nace dependiente de la Alcaldía Mayor de Guanajuato. Las comunicaciones de los primeros alcaldes ordinarios ante las autoridades del Real de Minas de Santa Fe de Guanajuato y de la capital del Virreinato, vinieron a enriquecer el acervo, de la misma manera que los testimonios de los actos ejecutados por alcaldes y administradores de justicia.
A partir de 1580 la Villa de León es elevada a la categoría de Alcaldía Mayor, independiente de la de Guanajuato. Las acciones de justicia se extienden más allá de lo ejercido en su etapa original de 1576 a 1580. La jurisdicción de la Alcaldía Mayor comprendía lo que ahora son los municipios de León, San Francisco del Rincón, Purísima, Ciudad Manuel Doblado –antes San Pedro Piedragorda-, Huanímaro, Abasolo, Cuerámaro y Pénjamo, la cual conservó hasta el año de 1786, cuando por la reforma borbónica fue instaurado el régimen de Intendencias que en León iniciara posteriormente a las determinaciones, desde el 5 de diciembre de 1787, desapareciendo hasta entonces la Alcaldía Mayor.
El Fondo Alcaldía Mayor (AM), comprende de 1580 a 1787.
Fondo Alcaldía Mayor (1580-1787)