Hacia 1566 las tierras que hoy pertenecen a la jurisdicción de León eran teatro de cruentas batallas pues los chichimecas atacaban sin piedad las estancias y poblados sin importar si eran asentamientos de indios o españoles. Riesgo constante significaba para quien pasara por estas tierras al dirigirse a los minerales de Guanajuato y Zacatecas.
Por dicha circunstancia, el Virrey Don Martín Enríquez de Almanza dispuso la fundación en las tierras de la Estancia de Señora de una población que sirviera de baluarte para dichas agresiones, así como para proteger el paso de las conductas por el camino de las poblaciones mineras señaladas .
El mandato virreinal fue otorgado el 12 de diciembre de 1575, debiendo darle cumplimiento el Dr. Juan de Orozco el 20 de enero de 1576, día en que se conmemora litúrgicamente a San Sebastián Mártir, quien por esta razón es el Patrono de la localidad.
El nuevo centro poblacional, se gestaría con el carácter de ciudad, siempre que el número de sus primeros vecinos fuera cien y que se comprometieran a habitarla por el término de diez años, y si la cantidad fuera menor al señalado se fundaría con la categoría de villa, lo que finalmente sucedió, recibiendo el nombre de León, haciendo alusión al lugar de origen del mencionado Martín Enríquez de Almanza.
Entre los fundadores podemos mencionar al Capitán Juan Alonso de Torres, Capitán Juan Gordillo, Antonio Rodríguez de Lugo y los clérigos Bachiller Presbítero Alonso Espino, Padre Bachiller Juan de Cuenca Virués y Padre Maestro Cristóbal de Soria.
El Acta de Fundación, fue levantada por el Escribano Real Miguel de Arévalo, en dicho instrumento jurídico se dispuso trazar una plaza de trescientos sesenta pies en cuadro -es decir, correspondiendo aproximadamente 100.548 metros a cada uno de los lados-, en la que ninguna persona podría construir edificio alguno.
Para sitio de Iglesia, se dice la cuadra que cae al oriente, con los edificios y cosas anexos a ella; para casas de Justicia, Cabildo, Cárcel y Mesón la otra cuadra frontera; y finalmente las cuadras de norte y sur, se destinaron para habitación de los primeros pobladores leoneses.
En resumen, la traza original comprendió tan solo 24 manzanas, las que estaban delimitadas por los espacios que hoy día corresponden, al Bulevar Adolfo López Mateos, por el Norte; a las calles Constitución y José Rosas Moreno, por el Sur; Donato Guerra, Pedro de Gante e Independencia, por el Este; y Aquiles Serdán, por el Oeste.